بنیاد –که نهادی غیردولتی است- بر اساس مصوبه شورای انقلاب، جزء نهادهای انقلاب اسلامی و مؤسسات امور خیریه و عامالمنفعه قرار گرفت؛ از همینرو شرکتهای متعلق به آن در تیرماه ۱۳۶۶ با موافقت امامخمینی، از شمول قانون مالیات کشوری معاف شدند.
همچنین به دلیل نداشتنِ بودجۀ دولتی، امامخمینی در سال ۱۳۶۴ اجازۀ واگذاری بخشی از اموال مصادرهشده در اختیار محاکم قضایی و نیز اموال مجهولالمالک را به بنیاد صادر کرد. خدمات بنیاد پانزده خرداد در حوزههای گوناگون خدماتی، اقتصادی، فرهنگی و عمرانی بود.
امامخمینی با تأکید بر مورد وثوق بودنِ متصدیان بنیاد و درخواست رسیدگی بیشتر به وضع مستضعفان و خانوادههای شهدا و معلولین، از دولت و ملت خواست از این بنیاد پشتیبانی کنند.